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임대창고 취득세

임대창고 취득세 감면, 무조건 안 되는 건 아닙니다

2026-03-19

임대창고 취득세 감면을 못 받았다는 분들이 있습니다.

지자체에서 “임대를 했으니 직접 사용이 아니다”라는 이유로 거절한 경우 입니다.

사실 임대업은 취득세 감면 안되는게 맞습니다.

근데 최근 이 판단이 뒤집힌 사례가 나왔습니다.

왜 지자체는 “임대=감면불가”로 해석할까요?

지자체 입장에서는 사실 이해되는 측면이 있습니다.

창업 중소기업 취득세 감면은 “직접 사용”하는 부동산만을 대상으로 하고 있습니다.

본인이 사업목적에 직접 써야 감면이 된다는 거죠. 그런데 임대를 하면 다른 사람이 쓰는 거니까 안된다는 논리입니다.

지자체 입장에서는 “직접 사용이 아니네”라고 해석하는 게 합리적인 판단입니다.

문제는 현실의 창고업 모델이 그렇게 단순하지 않다는 겁니다.

예전 창고업은 화주한테 물건을 직접 받아서 보관하는 방식이었어요.

그런데 최근 창고업은, 쇼핑몰, 커머스 물량이 폭발적으로 늘면서 공간을 임대하되 온도, 설비, 안전 관리는 창고 운영사가 직접 하는 구조가 많이 있습니다. 임대 계약서를 쓰지만 실질은 창고업인 거죠.

핵심은 임대업이냐, 창고업이냐 입니다.

창업 중소기업 취득세 감면 대상에 임대업은 없습니다. 근데 창고업은 있습니다.

그럼 임대창고는 어떤 업종일까요? 이게 애매한 부분이 많았습니다.

이번 사례에서 법인은 냉동·냉장 물류창고를 지어서 특정 기업에 임대했는데, 온도 유지, 설비 가동, 소방·오수 처리, 출입 통제, 관리 인력 고용까지 전부 직접 했습니다.

공간만 빌려준 게 아니라 창고를 운영한 거죠.

지자체는 “임대했으니 감면 불가”라고 했고, 법인이 불복했습니다.

조세심판원 심판청구 결과는 취득세 75% 감면 인정이었습니다.

임대창고 취득세 감면 금액차이는?

창고 같은 부동산 취득세는 기본세율 4.6%입니다. 여기에 창업 중소기업 감면이 적용되면 최대 75%까지 감면됩니다.

쉽게 계산해볼게요.

10억짜리 냉동창고를 신축했다면 취득세가 기본 4600만원이에요. 75% 감면이 적용되면 1150만원만 내면 됩니다. 3500만원 차이입니다

20억 냉동창고 취득이면 7천만원 차이죠.

취득세는 법인세나 소득세와 달리, 소득이 있어야 세금을 내는게 아닙니다. 그냥 부동산을 매매했으면 그 법인이 소득이 있던 없던, 설령 적자법인이라 하더라도 무조건 내야 합니다.

그래서 이번 사례처럼 불복해서 감면을 인정받는 게 의미가 큰 겁니다.

창고업으로 인정받은 기준은?

이번 사례에서 인정받은 기준이 있습니다.

온도·설비·안전관리 같은 핵심 운영을 임대인이 직접 하고 있는지, 계약서에 단순 임대가 아니라 창고 운영 서비스 제공으로 볼 만한 내용이 있는지, 처음 창업 목적이 창고업이었는지, 실제로 인력을 고용하고 매출이 발생하고 있는지.

이 네 가지가 갖춰져 있으면 감면 가능성이 높아요.

이미 감면 거부당했다면?

지자체에서 감면 불가 통보를 받았다면 구제 방법이 있습니다.

이의신청이나 조세불복 절차를 통해 다툴 수 있습니다. 이번 사례처럼 실질이 창고업이라는 걸 입증할 수 있다면 뒤집힐 가능성이 있습니다.

이런 조세불복의 핵심은 치밀한 서류준비와 논리에요. 단순히 “우리가 직접 운영했다”고 말로 하는 게 아니라, 증명할 수 있는 자료가 있어야 해요.

관리 인력 고용 내역, 설비 운영 기록, 온도 관리 일지, 계약서상 운영 서비스 조항. 이런 것들이 갖춰져 있어야 합니다.

감면 거부를 받은 시점부터 90일 이내에 이의신청을 해야 하니까 통보받으셨다면 빠르게 움직이셔야 합니다.

혹은 처음 취득세 신고할때부터 감면신청 없이 하셨으면, 취득세 납부일부터 5년내에 경정청구 할 수 있어요. 다시 돌려달라는 청구입니다.

임대창고 취득세 감면이 가능한지, 혹은 이미 거부당한 상황에서 도움이 필요하시다면, 연락주시면 같이 검토해드리겠습니다.

FAQ

Q. 창고를 지은 지 얼마 안 됐는데 지금 신청할 수 있나요?

취득세 감면은 취득 시점에 신청하는 게 원칙입니다. 근데 취득 당시 감면 신청을 못 한 경우라면 취득일로부터 5년 이내에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다.

Q. 계약서에 임대차계약이라고 명시돼 있으면 불리한가요?

불리하게 작용할 수는 있습니다. 근데 계약서 제목만으로 판단하진 않습니다. 중요한 건 계약 내용입니다. 계약서 안에 창고 운영 서비스 계약으로 볼 수 있는 부분이 핵심입니다.

Q. 냉동창고가 아닌 일반 창고도 해당되나요?

일반 창고라도 설비 운영, 보안, 관리 인력 고용 등 창고업 실질을 갖추고 있다면 감면 가능성 있습니다.

최성구 세무사

최성구 세무사

전 삼정회계법인(KPMG)에서 근무했으며, 현재 에이펙스 세무회계를 운영하고 있습니다. 서울경제진흥원, 경기테크노파크 자문위원으로 활동하며 기업의 세무·경영 이슈를 함께 검토하고 있습니다.