특허권 법인 양도 시 세금 문제 총정리 (시가·부당행위계산·무상양도)

2026-03-06

창업 초기에는 대표 개인 명의로 특허를 등록하는 경우가 많습니다. 그러나 사업이 성장하고 투자 유치나 정부 과제를 준비하는 과정에서 특허권을 법인 자산으로 이전하려는 경우가 있습니다.

이때 많은 대표들이 “명의만 옮기면 되는 것 아닌가”라고 생각하지만, 세법에서는 이를 재산권 이전 거래로 봅니다.
따라서 특허권 법인 양도 과정에서는 소득세, 법인세, 부가가치세가 발생할 수있으므로 거래 이전에 검토가 필요합니다.

특히 대표이사와 법인은 세법상 특수관계자에 해당하기 때문에, 거래 금액이나 이전 방식에 따라 예상치 못한 세금이 발생할 수 있습니다.

이번 글에서는 특허권 법인 양도 시 실무에서 반드시 확인해야 할 세 가지 핵심 쟁점을 정리합니다.

특허권의 실질 귀속은 누구?

첫번재로, 특허가 대표 개인 명의로 등록되어 있더라도 세법에서는 실질적으로 누구의 자산인지를 먼저 확인합니다.

개발 과정에서 법인의 자금, 인력, 연구시설 등이 사용되었다면 국세청은 해당 특허권을 법인 자산으로 판단할 가능성이 있습니다.
반대로 대표 개인이 독립적으로 연구개발을 수행하고 법인의 인적/물적자원이 사용되지 않았음을 객관적으로 입증하면 개인 자산으로 인정될 여지가 있습니다.

세무조사에서는 다음과 같은 자료를 집중적으로 검토합니다.

쟁점 특허권 연구개발 자금의 출처
개발에 참여한 인력의 소속
연구시설 및 장비 사용 여부
개발 관련 기록 및 문서의 보관 주체

실제 심판례에서도 대표 명의 특허라 하더라도 법인의 연구소와 비용이 사용된 사실이 확인되면 개인과 법인 간 양도 거래 자체를 부인한 사례가 존재합니다. 왜냐하면 법인의 자원을 사용해 특허를 개발하고, 단순히 그 소유만 대표명의로 한 것으로 보기 때문입니다.
(참고: 조심2023서10547, 2024.10.31)

특히 기업부설연구소가 있는 기업이라면 연구 활동이 대부분 법인에서 이루어지기 때문에, 과세관청에서 특허권의 실제 소유자를 법인으로 볼 여지가 있습니다.

특허권 양도가액은 반드시 ‘시가’로 산정해야 합니다

대표이사와 법인은 세법상 특수관계자입니다. 따라서 특허권 양도 금액이 시가에서 크게 벗어나면 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있습니다.

상황	세무상 판단
시가보다 낮은 가격으로 법인에 특허권 양도	대표이사가 법인에 이익을 제공한 것으로 보아 기타소득 과세 가능
시가보다 높은 가격으로 법인에 특허권 양도	법인의 과다 지급액을 대표이사 상여로 처분 가능
무상양도	대표이사가 법인에 시가로 양도한 것으로 간주되어 과세 가능

특히 무상 이전은 세금이 없을 것이라고 생각하기 쉽지만, 세법에서는 경제적 가치 이전이 발생한 거래로 보아 시가 기준으로 거래한 것으로 보기 때문에, 주의가 필요합니다.
따라서 특허권 이전 시에는 감정평가서, 기술평가 보고서 등 시가 산정 근거를 확보하는 것이 필요합니다.

부가가치세 과세 여부도 함께 검토해야 합니다

특허권은 세법상 재산적 가치가 있는 권리이므로, 양도 시 부가가치세 과세 여부도 검토 대상입니다.

일반적으로 다음과 같이 판단합니다.

거래 형태	부가가치세 여부
대표이사가 개인사업자인 경우	부가가치세 과세 가능
대표이사가 사업자가 아닌 경우	부가가치세 비과세
무상 양도	시가 기준 공급으로 볼 가능성 존재

국세청 유권해석에서도 사업자가 특허권을 양도하는 경우 부가가치세 과세 대상이라고 판단하고 있습니다.
(서면인터넷방문상담3팀-451, 2008.02.29)

다만 대표이사가 사업자가 아닌 개인이라면 부가가치세 과세 대상이 아닙니다.

결론: 특허권 법인 양도 전 반드시 점검할 사항

특허권 법인 양도는 단순한 명의 변경 절차가 아니라 특수관계자 거래, 시가 평가, 세목별 과세 여부 등 동시에 검토해야 할 내용이 많습니다.
이러한 검토없이 법인에 양도한다면 양도 이후 세무조사 과정에서 기타소득, 상여 처분, 법인세 과세가 발생할 수 있습니다.

거래 전 다음 세 가지를 먼저 검토해보시기 바랍니다.