대표자를 변경하는 경우 가장 많이 받는 질문이 있습니다.
“제가 창업세액감면 혜택을 받고 있는데요, 감면 계속 받을 수 있나요?”
여기에 대한 답은, 창업세액감면도 어떤 감면이냐에 따라 답이 완전히 다릅니다.
청년창업세액감면을 받고 있다면
대표자 변경하는 건 세법적인 측면에선, 위험합니다.
청년창업세액감면은 법인에 주는 혜택이 아닙니다. 그 법인을 만든 청년 개인에게 주는 혜택입니다. 조세특례제한법 시행령 제5조 제1항 제2호가 요구하는 게 딱 두 가지입니다. 창업자가 청년일 것, 최대주주일 것.
여기서 대표자까지 유지해야 한다는 조건이 붙습니다.
2024년에 나온 유권해석(서면-2024-법인-1295, 2024.07.31)을 보면, 지분 변동으로 최대주주 지위를 잃는 순간 그 과세연도부터 청년창업 감면을 받을 수 없습니다. 나중에 다시 최대주주를 회복해도 돌아오지 않습니다.
서면-2024-법인-1295, 2024.07.31
귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제6조제1항제1호가목에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받던 중 대표자가 퇴사함에 따라 대표자를 창업당시 15세 이상 34세 이하로서 발행주식총수의 50%를 출자한 다른주주로 변경하고 이와 함께 변경 후 대표자가 종전 대표자의 지분 전체(발행주식총수의 50%)를 인수하는 경우, 대표자가 변경된 날이 속하는 사업연도부터 같은 법 제6조제1항제1호가목에 따른 감면을 적용하지 않는 것입니다. 끝.
더 무서운 건 따로 있습니다.
2020년 유권해석(서면-2020-법인-3167, 2020.09.28)에서 국세청은 최대주주 지위를 그대로 유지하면서 대표자만 잠깐 사임했다가 재취임한 경우도 사임일이 속하는 과세연도부터 감면을 받을 수 없다고 했습니다.
지분은 그대로인데, 대표 자리만 잠깐 비웠다가 돌아와도 감면을 받을 수 없습니다.
서면-2020-법인-3167, 2020.09.28
법인의 대표자 변경일은 등기부 상의 등기일과 실제 대표자 취임일이 다르다는 사실이 법원의 판결이나 객관적인 증빙 등에 의해 입증되는 경우를 제외하고는 등기부 상의 등기일로 보는 것입니다.
또한, 수도권과밀억제권역 내에서 창업한 청년창업중소기업의 창업자가 최대주주를 유지하며 대표자를 사임하고 일정기간 후 재취임한 경우 창업자가 대표자를 사임하는 때에 조세특례제한법시행령 제5조제1항제2호나목의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 같은 법 시행령 제5조제3항에 따라 대표자의 사임일이 속하는 과세연도부터 조세특례제한법 제6조의 감면을 받을 수 없는 것입니다.
투자 유치 과정에서 전문경영인을 영입하면서 대표 자리를 내어주는 경우가 많습니다. 그 순간 청년창업세액감면은 더 이상 받을 수 없습니다.
다만 요건을 충족한다면 일반창업세액감면으로 전환 적용은 됩니다. 100% 감면에서 50%로 감면율이 낮아지지만, 완전히 없어지는 건 아닙니다.
대표자 변경 창업세액감면 : 벤처기업세액감면이라면?
벤처기업세액감면은 일반 창업세액감면과는 다릅니다.
누가 만들었느냐가 아니라, 어떤 기업이냐를 봅니다. 법령상 요건도 벤처기업 확인과 실질적 창업 여부뿐입니다.
대표자가 누구인지, 최대주주가 누구인지는 요건에 없습니다.
그런데 실무에서는 오랫동안 벤처기업세액감면을 받는 법인의 대표자가 바뀌면 감면이 유지되는지 불분명했습니다.
청년창업 관련 예규가 벤처기업 감면 해석에도 적용된다면 당연히 대표자가 변경되면 세액감면도 더 이상 받을 수 없기 때문이죠.
작년 말 국세청이 이걸 정리했습니다(서면-2025-법인-1673, 2025.12.05).
창업벤처중소기업 세액감면에서 대표자 변경은 감면 배제 사유가 아니라고 명확히 밝혔습니다.
단, 조건이 붙습니다. 법인 설립이 실질적인 창업에 해당하는지는 설립 경위, 대표자의 실사업자 여부 등을 종합적으로 판단한다고 했습니다.
서면-2025-법인-1673, 2025.12.05
(질의2) 내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제6조 제2항에 따른 창업벤처중소기업 감면을 적용함에 있어 대표자의 변경은 감면 배제 사유에 해당하지 않으나, 이와 별개로 질의법인의 설립이 실질적인 창업에 해당하는지 여부는 법인의 설립 경위, 대표자의 실사업자 여부 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.
두 제도 비교
| 구분 | 청년창업세액감면 | 벤처기업세액감면 |
|---|---|---|
| 제도 취지 | 청년 개인의 창업 지원 | 벤처기업 육성 |
| 핵심 기준 | 창업자의 연령·최대주주 | 기업의 성격과 벤처 인증 |
| 대표자 변경 | 감면 배제 | 배제 사유 아님 |
| 최대주주 변동 | 감면 배제 | 배제 사유 아님 |
대표자 변경 전에 이것만 확인하세요
지금 받고 있는 감면이 뭔지부터 봐야 합니다.
청년창업세액감면이라면 대표자 변경 전에 반드시 세무 검토를 받아야 합니다. 세액감면 효과가 크다면, 변경 후에는 되돌릴 방법이 없습니다.
벤처기업세액감면이라면 대표자 변경 자체는 문제가 없습니다.
FAQ
청년창업세액감면 받는 중에 대표 변경을 잠시만 해도 끊기나요?
끊깁니다. 사임일이 속하는 과세연도부터 감면이 종료됩니다. 최대주주 지위를 유지하고 있어도 마찬가지입니다.
감면 끊기면 아무 감면도 못받나요?
청년창업세액감면은 종료되지만, 요건을 충족한다면 일반창업세액감면(50%)으로 전환됩니다.
벤처기업세액감면 받는 중에 대표가 바뀌어도 괜찮은가요?
2025년 12월 유권해석 기준으로 대표자 변경 자체는 감면 배제 사유가 아닙니다.
단, 법인의 실질적 창업 여부는 별도로 판단해야 합니다.
‘실질적 창업’이 안 된다고 보면 어떻게 되나요?
감면 전체가 부인됩니다. 설립 경위, 기존 사업과의 연속성, 대표자의 실사업자 여부를 종합적으로 봅니다.
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